„Prymasa” rozpoczyna scena uprowadzenia Kardynała Wyszyńskiego z Pałacu Prymasowskiego. Równocześnie z więzienia w Rawiczu zostaje zabrany więziony tam za nauczanie religii ksiądz Stanisław, a z więzienia w Grudziądzu współpracująca ze strażnikami, zastraszona zakonnica Leonia... Oboje będą stanowić swoistą „świtę” Prymasa w miejscu odosobnienia w Stoczku Warmińskim. Podsłuchiwany i szpiegowany Kardynał, manipulowany przez Komendanta, ma się załamać.