Akcja filmu rozgrywa się w bliskiej przyszłości w Szanghaju, w świecie, w którym metody kontrolowania obywateli rosną wraz z rozwojem technologicznym. Gdy podział embrionów czy zapłodnienie in-vitro są na porządku dziennym, konieczna staje się ścisła kontrola nad przyszłymi rodzicami w celu uniknięcia genetycznych mezaliansów (te sytuacje reguluje właśnie tytułowy Kodeks 46). Wolność obywateli ogranicza również konieczność posiadania specjalnych dokumentów ("papelli"), umożliwiających nie tylko podróżowanie, ale i przebywanie w mieście. Bez nich można mieszkać tylko na pustyni, która rozciąga się wokół granic miasta i stanowi miejsce zesłania dla wszystkich, którzy w jakikolwiek sposób przeciwstawili się systemowi.

Pewnego dnia w ogromnej korporacji Sfinks, zajmującej się wydawaniem "papelli" pojawia się rządowy detektyw Will (grany przez Tima Robbinsa), którego zadaniem jest odnalezienie fałszerza dokumentów. Winowajczynią okazuje się jedna z młodych pracownic - Maria (Samantha Morton), w której detektyw natychmiast się zakochuje. Romans komplikuje jednak fakt, że śledztwo jest w toku, a Maria jest sklonowana z genotypu matki Willa...

"Kodeks 46" to opowieść o miłości w trudnych czasach. Zawarta w nim wizja przyszłości jest idealnie sterylna i bezduszna, choć jej siła nie leży wyłącznie w futurystycznej scenografii. To świat - antyutopia, niezbyt odległy od tego, w którym obecnie żyjemy – przebojem karaoke przyszłości nadal jest „Should I Stay or Should I go”. Na uwagę zasługuje również rozwarstwienie społeczeństwa; grubą linią przeprowadzony został podział na tych, którzy mają przywilej mieszkania w miastach i tych, którzy zostali z nich usunięci (lub nigdy do nich niedopuszczeni). Za tym podziałem idzie następny – to bowiem wygnańcy, mieszkający w prymitywnych warunkach pustyni mają jeszcze świadomość tego, co realne, a którą mieszkańcy miast dawno utracili. Na tym tle rozgrywa się zupełnie niezwykły romans, o tyle ryzykowny, że łamiący nie tylko genetyczne, ale i kazirodcze tabu. Bohaterowie żyją ze świadomością nieustannego zagrożenia, kładąc na szali swoje bezpieczeństwo, karierę i rodzinę. Charakter tego dramatu świetnie zresztą oddają kreacje pary Morton - Robbins.

Mocną stroną filmu jest spójność wykreowanego świata, dopracowana do ostatniego szczegółu - można tu wspomnieć choćby o specyficznym, hybrydycznym języku, którym posługują się bohaterowie. Klimat współtworzą również liczne zwroty akcji, w jakie obfituje fabuła, a także zupełnie niezapomniana, przywodząca nieco na myśl film "Między słowami", muzyka.